Az atomenergia alapvető problémája az, hogy ugyan tiszta energiát termel, mindig van melléktermék, ami a veszélyes sugárszennyezett hulladék. Ez pedig, ha nincs megfelelően tárolva, szennyezi a környezetet, beleértve a levegőt, talajt és vizet. Persze ezen hulladékok ereje egy idő után megszűnik, és már nem szennyezik a környezetet, de ez néhány-tízezer éve telhet.
Természetesen a másik probléma az atomenergiával az, hogyha bármilyen baleset történik, ez a szennyezés nagyon könnyen elszabadulhat és élhetetlenné alakíthat több kilométernyi területet. Csernobil remek példa erre, az ottani atomtragédia után a tudósok szerint a szennyezés még legalább 24,000 évig jelen lesz.