A búcsúztatáson, amelyet az elhunyt kérésére "az egyszerűség jegyében" tartottak, Ferenc pápa mondott gyászmisét, az oltár előtti teendőket azonban Giovanni Battista Re bíboros, a Bíborosi Kollégiumot vezető dékán végezte a 86 éves katolikus egyházfő térdfájdalmai miatt. Prédikációjában Ferenc pápa elsősorban az Istenbe vetett bizalomról és az Isten iránti odaadásról beszélt, csak beszédének végén említette közvetlenül az elhunyt volt egyházfőt, mint "a Vőlegény (Jézus) hű barátját". A gyászmisét 130 bíboros, 400 püspök és 3700 pap mutatta be.
A mise végének közeledtével Ferenc szentelt vizet hintett a koporsóra és körbetömjénezte azt, miközben latinul a következőket mondta: "Irgalmas Atyánk, kegyelmedbe ajánljuk Benedek emeritus pápát, akit Péter utódjává és az egyház pásztorává tettél, és aki igéd félelmet nem ismerő hirdetője, illetve az isteni misztériumok hű szolgálója volt."
A nyilvános gyászszertartás után a 12 fehérkesztyűs koporsóvivő visszavitte XVI. Benedeket a Szent Péter-székesegyházba, hogy ott a nyilvánosság előtt elzárt ceremónián helyezzék végső nyugalomra a néhai egyházfőt. Mielőtt a koporsó eltűnt a bazilika kapui mögött, Ferenc pápa megáldotta, kezével megérintette és meghajolt előtte. Csókkal illette a koporsót Georg Gänswein érsek, aki évtizedek óta volt a pápa személyi titkára, legfőbb bizalmasa.