Az intézmény elődjét a Békéscsabai Múzeum-Egyesület hozta létre. Az 1899. november 25-én alakult Múzeum-Egyesület működésének tizenöt éve alatt lerakta a gyűjtemények alapjait, megfelelő szakembereket nevelt, s tevékenységének betetőzéseként felépítette a múzeumnak helyet adó Közművelődés Házát.
A múzeum–könyvtár–műterem–közművelődés négyes funkcióját ellátó intézmény számára készült épületet 1914-ben avatták fel. Ma is ez az épület ad otthont a múzeumnak, amely 1951-ben vette fel a gyermekkorát Békéscsabán töltő festőművész, Munkácsy Mihály nevét.
A Munkácsy Mihály Múzeum gyűjteménye természettudományi, régészeti, néprajzi, történeti, képzőművészeti gyűjteményi anyagokból tevődik össze. Az intézmény kiemelkedő műtárgy-együttese a festményekből és relikviákból álló Munkácsy-gyűjtemény, melynek alapját a festő özvegyének végrendelete szerint az 1930-as évek elején a gyűjteménybe került műtárgyak képezik.