Az 1980-ban készült „Vizsgálat Martinovics Ignác szászvári apát és társai ügyében”, a jakobinusok forradalmának bukása utáni vallatás akkori magyar valóságára rímelő részleteibe vezetett be. Ugyan tévéfilmként készült, de fesztiválokon vetített játékfilmmé avanzsált a mű aktualitása és komolysága miatt, nem utolsósorban mert a hazai ellenzék meghatározó szereplőit vonultatta fel fontos szerepekben. Következő játékfilmje ugyanennek a kíméletlenül lemeztelenítő stílusnak a jegyében, a szabadságharc leverése után
Petőfi özvegyének klausztrofobikus kapcsolatáról szóló „Mária nap” az 1984-es Cannes-i versenyben került bemutatásra, ahonnan még a tengerentúli forgalmazás is felkapta. Ebben az évben kapta meg a francia Irodalom és Művészetek Rendjének lovagkeresztjét.
A 80-as évek végén csinálta meg a „Tutajosokat”, a tiszaeszlári vérvád peranyagából született nagyszabású nemzetközi filmet, ami aztán történelmi tananyaggá vált a világ egyetemein, miközben Magyarországon többször halálosan megfenyegették. Színházban is rendezett, például Széchenyiről, de ezt is felvette videóra és filmet csinált belőle.
A kilencvenes években óriási sikerrel tért vissza a dokumentumfilmhez, amikor Elie Wieselt és barátait elvitte Erdélybe és Auschwitzba a Holokauszt kapcsán. Egy mélyen személyes filmet készített, ami aztán egy nagyon széles réteghez jutott el. Az egész világon nézték, nézik a mai napig és nagyra értékelik Elie Wiesel üzenetét, a Mondani a mondhatatlant, amit magyarul Fodor Tamás, franciául Jean-Hugues Anglade és angolul William Hurt tolmácsolt.
A saját regényéből megfilmesített „Ébredés” már a "Tutajosokban" is érezhető eltávolodását mutatta be dokumentarista módszerekkel, de közben megint fontos szerepet osztott egy amatőr szereplőre, aki az önéletrajzi történet főhősét játszhatta el. Férjével, Kézdi-Kovács Zsolttal létrehozták a Dánielfilm Stúdiót, ahol további dokumentumfilmeket készítettek , valamint két utolsó játékfilmjét, a "Hét nyolcadik napját" és a "Visszatérés/Retrace"-t. Utolsó filmes munkáját a "És a halottak újra énekelnek" című koncertfilmet az kipusztított erdélyi zsidók hátrahagyott kottáiból építette fel.